インボイス制度が始まって2年半が経ちましたが、「なんとなく対応している」「実は完全には終わっていない」という会社は少なくありません。
特に注意が必要なのが、2026年10月の変更です。現在使えている経過措置が縮小され、免税業者との取引コストが変わります。「制度開始時に手続きだけした」という状態では、この変更に対応できていない可能性があります。
この記事では、対応状況の確認チェックリストと、今やるべき3つのステップを整理します。
まず現状確認：自社の対応状況をチェックする
以下の4項目を確認してください。1つでも「いいえ」があれば対応が必要です。
| 確認項目 | はい / いいえ |
|---|---|
| 適格請求書発行事業者として登録済みか | |
| 発行する請求書にインボイスの記載事項が揃っているか | |
| 主要取引先の登録番号を確認したか | |
| 使用している会計・請求書ツールがインボイスに対応しているか |
2026年10月に何が変わるか
対応を急ぐべき理由として、2026年10月からの変更を把握しておく必要があります。
2割特例が2026年9月末で終了する
「2割特例」とは、インボイス制度の開始（2023年10月）を機に免税事業者から課税事業者に転換した事業者が、納税額を「売上税額×20%」に抑えられる軽減措置です。
この措置が2026年9月末で終了します。
10月以降は通常の消費税計算に戻るため、課税転換したばかりの事業者（一人法人・小規模事業者に多い）の納税負担が増えます。
なお、個人事業者を対象に「3割特例」が2026年10月から2年間設けられました（令和8年度税制改正で成立）。対象は個人事業者のみで、法人は対象外です。
免税業者からの仕入税額控除が80%→50%に縮小
現在は「免税業者から仕入れた場合でも、消費税相当額の80%を仕入税額控除できる」という経過措置が適用されています。これが2026年10月から50%に縮小されます。
数字で見るとこうなります：
免税業者からの仕入れが月100万円（うち消費税10万円）の場合
- 現在：8万円を控除できる（10万円×80%）
- 2026年10月以降：5万円しか控除できない（10万円×50%）
- 差額：月3万円、年間36万円の負担増
免税業者との取引が多い会社ほど、影響が大きくなります。建設業や製造業のように、フリーランスや小規模業者を多く使う業種では特に確認が必要です。
Step 1：自社の請求書をインボイス対応にする
「インボイスに登録した」という会社でも、発行している請求書の内容が正しいかどうかは別の話です。
インボイスに必要な6つの記載事項
適格請求書には、以下の6項目が必要です（国税庁 No.6625）。
- 適格請求書発行事業者の氏名または名称及び登録番号（「T」から始まる13桁）
- 取引年月日
- 取引内容（軽減税率の対象品目である旨）
- 税率ごとに区分して合計した対価の額及び適用税率
- 税率ごとに区分した消費税額等
- 書類の交付を受ける事業者の氏名または名称（受取先の社名）
このうち漏れやすいのが「登録番号」「適用税率の記載」「受取先の社名」です。Excelの請求書テンプレートをそのまま使い続けている場合、これらが抜けていることがあります。
自社の登録番号を確認する方法
国税庁の「適格請求書発行事業者公表サイト」（https://www.invoice-kohyo.nta.go.jp/）で、自社の登録番号を確認できます。
登録していれば「T+法人番号13桁」が表示されます。この番号を請求書に記載します。
まだ登録していない場合は、e-Taxまたは郵送で申請できます。登録完了まで数週間かかることがあるため、早めに手続きをしてください。
請求書フォーマットの変更方法
Excelテンプレートを使っている場合：
登録番号の記載欄を追加し、消費税額を税率ごとに分けて表示する項目を追記します。既存テンプレートに列や行を追加するだけで対応できます。
会計ソフトを使っている場合：
freee・マネーフォワードクラウド・弥生はいずれもインボイス対応済みです。ソフトの請求書設定画面で「適格請求書発行事業者として登録」をオンにし、登録番号を入力すれば、発行する請求書に自動で反映されます。
Step 2：取引先の登録状況を確認する
自社の対応が完了したら、取引先の確認に移ります。
仕入れ先がインボイス発行事業者でない場合、その仕入れに対する消費税の控除が制限されます。2026年10月以降は控除割合が50%に下がるため、影響を把握しておく必要があります。
確認の優先順位
すべての取引先を一気に確認する必要はありません。以下の順番で進めると効率的です。
- 月10万円以上の継続的な取引先（影響が大きいため優先）
- 請求書に登録番号が記載されていない取引先（未登録の可能性が高い）
- フリーランス・個人事業主からの発注（免税事業者が多い業態）
国税庁のサイトで確認する方法
取引先から届いている請求書に「T」から始まる13桁の番号が記載されていれば、国税庁の公表サイト（https://www.invoice-kohyo.nta.go.jp/）でその番号を検索し、有効かどうかを確認できます。
登録番号の記載がない請求書が届いた場合、取引先が免税事業者か、記載を忘れているかのどちらかです。取引先に確認を取ることをお勧めします。
免税業者との取引が確認できた場合の選択肢
取引先が免税事業者と分かった場合、選択肢は3つです。
選択肢1：価格交渉をする
消費税相当分を値引きしてもらうか、または控除できない税額分の負担を相殺できる条件を交渉します。ただし、免税事業者に対して一方的な価格引き下げを強制すると独占禁止法上の問題になる場合があります。任意の交渉の範囲で行ってください。
選択肢2：課税事業者への転換を依頼する
取引先にインボイス登録を勧めることができます。ただし、相手の経営判断であり、強制はできません。
選択肢3：取引を継続し、控除制限を許容する
取引継続の価値が高い場合は、2026年10月以降の控除50%を前提に費用対効果を計算した上で取引を続ける選択もあります。
Step 3：経理・会計ツールをインボイス対応に設定する
会計処理の側面でも、インボイス対応の設定が必要です。
主要クラウド会計ソフトの対応状況
freee・マネーフォワードクラウド会計・弥生はいずれもインボイス制度に対応しています。ソフト側の設定で「適格請求書」と「非適格請求書」を区分して登録できるようになっています。
ソフトを使っていても、以下を確認してください。
- 仕入れの登録時に「適格請求書あり/なし」を区分しているか
- 免税業者からの仕入れを別区分で管理しているか
- 仕入税額控除の計算がソフト内で自動処理されているか
Excelで経理管理している場合
手作業での管理になるため、仕入れごとに「インボイスあり/なし」の列を設けて記録する必要があります。
特に2026年10月以降は控除割合が変わるため、免税業者からの仕入れ分は「控除50%」で計算し、それ以外は通常の控除100%で処理するよう帳簿を分ける必要があります。
経理担当者がいる会社は、このルール変更を担当者と共有しておいてください。
対応が遅れると起きること
インボイス対応を後回しにすることのリスクを整理します。
売り手側（自社がインボイスを発行する立場）のリスク：
- 取引先から「登録番号を教えてほしい」という問い合わせが来て対応に時間を取られる
- インボイスの記載要件を満たさない請求書を発行し続けると、取引先の仕入税額控除に影響が出る
- 取引先から「登録していない業者との取引は見直したい」と言われるリスクがある
買い手側（仕入れでインボイスを受け取る立場）のリスク：
- 非インボイスの請求書を仕入として処理し続けると、本来できない控除をしてしまう可能性がある
- 2026年10月以降の控除縮小（50%）を把握していないと、申告で誤りが出る
いずれも税務リスクに直結するため、早めに整理しておくことが重要です。
対応の優先順位まとめ
すべての対応を一気にやる必要はありません。以下の順番で進めると効率的です。
| 順番 | 対応内容 | 目安時間 |
|---|---|---|
| 1 | 自社の登録番号を確認する | 5分 |
| 2 | 発行している請求書の記載事項を確認・修正する | 1時間 |
| 3 | 月10万円以上の主要取引先の登録状況を確認する | 半日 |
| 4 | 会計ツールのインボイス設定を確認する | 30分 |
2026年10月の経過措置縮小まで数か月です。まだ時間はありますが、取引先への確認は先方の返答待ちが発生するため、早めに動いておくと安心です。
インボイス制度への対応と合わせて、経理や事務全体の体制を見直している会社は、以下の記事も参考にしてください。